Pronájem aut umožňuje cestujícím na návštěvě Pantanal samostatné cestován. V závislosti na ročním období a typu cesty, je třeba volit stálý pohon všech kol. Někdo dává přednost nezávislému před organizovaným cestováním. Naštěstí, mokřady Pantanal nabízejí dobré možnosti, pro toto nezávislé cestování bez průvodcem. Pronájem automobilů je možné v Campo Grande a Cuiabá, ubytování najdete v Pousadas fazendas, nebo v průběhu cesty.
Autopůjčovna Cuiabá – Northside v Pantanal
Cuiabá je severní vstupní branou do Pantanal. 150 kilometrů dlouhá dlážděná cesta vede rovnou na jih do mokřadů, kde se promění v 90 kilometrů dlouhou nezpevněnou silnici [se 118 mosty]tato cesta se nazývá Transpantaneira. Cesta vede přes nekonečné pastviny, domov pro dobytčí ranče s názvem „fazendas“. Podél pastviny je mnoho bažin, nazývaných „baías“ a potoků. Nabízejí domov „jacarés“, kajmanům, stejně jako stovkám druhů ptáků, hadů Anaconda a obřím vydrám. Na severním konci je nejvíce vodních ptáků, jako jsou volavky, ledňáčci a 1,6 metru vysoký „tuiuiu“ – čáp Jabiro a symbol Pantanal. Dále na jih, v blízkosti Porto Miranda, je větší šance, že uvidíte ara, což jsou neuvěřitelně krásně zbarvený papoušek. Ostatní zvířata, která můžete spatřit, jsou capybaras [velcí hlodavci podobní morčeti], hadi a pásovci. Když budete mít štěstí můžete spatřit pumu nebo jaguára. Pro nocleh můžete použít jeden z Pousadas [Hotelů], které se nacházejí podél Transpantaneira, zde je možné objednat i exkurze. To vám může nabídnout perfektní směs nezávislého cestování s volně žijícími živočichy a výlety pod vedením odborníka na Pantanal. Výlety mohou být pěší turistika, jízda na koni, rybaření nebo výlet lodí.